Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PKM) mengemban mandat untuk merancang dan mengoordinasikan berbagai bentuk kegiatan pengabdian seperti Kuliah Pengabdian Masyarakat (KPM). Pusat ini juga menjadi penghubung antara universitas dengan pemerintah daerah, lembaga keagamaan, dan organisasi masyarakat dalam mengintegrasikan keilmuan Islam dan problem sosial. Saat ini, PKM UIN Kiai Ageng Muhammad Besari tergabung dalam jaringan PKM Persemakmuran Eks IAIN Sunan Ampel.
Selain melaksanakan program, PKM melakukan dokumentasi, evaluasi, dan diseminasi hasil kegiatan. Dalam jangka panjang, kegiatan yang dilakukan dapat kembali diperkaya menjadi bahan ajar, riset lanjutan, dan referensi kebijakan dengan nilai kebermanfaatan yang lebih luas.
